Lavate e tagliate le melanzane a metà, nel senso della lunghezza e incidetele con un coltello per un centimetro di profondità; quindi, salate, oliate appena ed infornate a 190°C per 20 minuti. Poi sfornatele e fatele raffreddare.
Lavate e tagliate la cipolla e le zucchine a cubetti piccoli. Tagliate i pomodori, privateli dei semi, asciugateli e tagliateli a cubetti piccoli. In una padella, dorate la cipolla nell'olio, poi unite le zucchine e fatele stufare qualche minuto. Unite i pomodori, il basilico sminuzzato, sale e pepe e cuocete per 5 minuti. Tagliate le olive a pezzetti piccoli, unitele alla caponata di verdure e lasciate insaporire.
Sgocciolate la mozzarella senza lattosio Brimi e tagliatela a cubetti. Scavate, con un coltello, la polpa delle melanzane facendo attenzione a non bucare il fondo e riempitele con la caponata; coprite, poi, con la mozzarella e con foglioline di timo.
Infornate, nuovamente, in modalità grill per 5 minuti e servite le barchette di melanzana ben calde.